A Assessoria de Projetos Especiais foi implantada na AMFRI em 2005, com o objetivo de viabilizar as necessidades dos municípios junto aos Governos Federal e Estadual. Após a viabilização dos recursos, a AMFRI realiza o acompanhamento dos projetos junto aos órgãos competentes. A coordenação dos trabalhos está sob a responsabilidade do engenheiro civil, Djan Dinis de Souza.